Pondok Pesantren Modern Al-Kautsar telah dimulai perintisannya pada tahun 1985. Alhamdulillah, melalui berbagai usaha, pada tanggal 5 juni 1986 mulai dibuka program Kulliyatul Mu'alliminal Islamiyyah yaitu Pendidikan Formal Pesantren Modern bermodalkan keikhlasan dan pengabdian Lillahi Ta'ala.

       Pada awalnya, yayasan ini bernama Yayasan Wakaf Pondok Modern Karang Anom Simalungun terdaftar dalam Badan Hukum: dengan akte notaris Djaidir, SH. No. 78 Tanggal 20 Januari 1986 - Medan. Serta terdaftar di Pengadilan Negeri Kabupaten Simalungun dengan No: 31/NDT/1986/PN-SIMALUNGUN tanggal 1 Februari 1986.

    Pada tahun 2017 ada perubahan nama Akta Pendirian menjadi "Yayasan Alkautsar Simalungun" No 72 tanggal 25 April 2017 dengan notaris, Rachmansyah Purba, SH.M.Kn. notaris SK. Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia RI, No: AHU-61.AH.02.01 tahun 2011 tanggal 14 januari 2011.

    Seiring dengan cita-cita para pendiri dan perintis yang menginginkan lembaga pendidikan bersistem pesantren, maka keberadaan Pondok Pesantren Modern Al-Kautsar diwarnai oleh lingkungan yang diciptakan sengaja untuk mendidik.

    Salah satu keunggulan Pendidikan Pesantren adalah keterpaduan Tripusat pendidikan plus masjid dan pengasuhnya dalam satu kampus. Dimana satu sama lain saling membantu, sehingga pendidikan formal, informal dan non formal dapat dilaksanakan secara terpadu.